Valter Bonacina nasce a Bergamo il 30 luglio del 1964 ed è uno dei giocatori che contribuiscono alle storiche qualificazioni dell’Atalanta in Coppa Uefa. Cresciuto nelle giovanili del Cenate Sotto, nel 1981 passa alla Virescit Boccaleone, squadra di Bergamo con la quale arriverà disputare il campionato di Serie C1. Cinque anni per un totale di 103 presenze e 2 gol con la maglia dei viola.
Nel 1986 si trasferisce alla corte della Dea per la sua prima storia d’amore con la maglia nerazzurra. Un sodalizio che dura un quinquennio, fino al 1991. Anni molto importanti sia per lui che per la società orobica che, chiudendo al 6° e al 7° posto, conquista uno storico accesso alla Coppa Uefa. Nell’estate del 1991 viene acquistato dalla Roma. Quattro anni in maglia giallorossa per un totale di 84 presenze e 2 gol. Nel 1994 ritorno a Bergamo e con la maglia nerazzurra resta altri 5 anni. Nell’estate del 1999 si chiude la sua carriera in maglia nerazzurra con cui, complessivamente, totalizza 331 presenze e 19 gol. Ma la sua vicenda calcistica non è conclusa.
A 36 anni scende di categoria per indossare la maglia del Monza. Due stagioni, 55 presenze e 2 gol, prima della sua ultima esperienza da calciatore nel campionato Interregionale con il Rodengo Saiano nel 2001-2002, conclusa con 27 presenze e 3 gol. Da giocatore ha vinto il campionato di Serie D nel 1983-84 con la Virescit Boccaleone, il campionato di Serie C2 l’anno successivo sempre con la compagine bergamasca.e la Coppa Italia di Serie C nella stagione 1985-86
La voglia di calcio è tanta e Bonacina inizia la sua carriera di allenatore a partire dal vivaio dell’Atalanta, specie sulla tolda di comando della Primavera, con una toccata e fuga alla guida della prima squadra nella transizione tra Antonio Conte e Lino Mutti.
Nel suo primo anno con la Primavera atalantina, arriva agli Ottavi di finale sia in campionato che in Coppa Italia, venendo eliminata rispettivamente dalla Sampdoria e dalla Juventus. Nel Torneo di Viareggio giunge invece alle Semifinali, anche qui fatale l'incontro con i bianconeri di Torino.
L'anno successivo continua la sua esperienza nelle giovanili atalantine. La sua formazione, arriva ai Quarti di finale sia in campionato (venendo eliminata dalla Fiorentina ai rigori) che in Coppa Italia (sconfitta al meglio delle due partite dall'Inter). Sempre l'Inter sarà la causa della sconfitta alle Semifinali del Torneo di Viareggio (4 a 1 dopo i tiri di rigore).
Il 9 giugno 2011 firma un contratto con il Foggia succedendo a Zeman ed entrando così di fatto nel mondo del calcio professionistico. Nella sua esperienza pugliese, è seguito dal preparatore atletico ai tempi delle giovanili atalantine, Luca Medolago, mentre come vice è stato scelto Luigino Pasciullo, anch'esso altro ex nerazzurro.
Esordisce sulla panchina dei rossoneri il 6 agosto, nell'incontro valido per il Primo Turno di Coppa Italia, dove la sua squadra vince per 3 a 0 contro il Trapani. Il 17 ottobre seguente viene tuttavia esonerato in seguito alla sconfitta interna per 0-2 contro la Reggiana, per poi essere richiamato alla guida della squadra pugliese il successivo 4 aprile 2012.
A fine stagione torna ad allenare la Primavera dell'Atalanta. Vince il campionato primavera davanti a Milan e Inter accedendo ai playoff. In semifinale batte il Milan con il punteggio di 1-0,ma in finale a Gubbio, la squadra neroazzurra viene sconfitta dalla Lazio per 3-0.
Il 3 febbraio 2018 viene ufficializzato il suo ingaggio da parte della Lazio come nuovo allenatore della Primavera, in sostituzione dell'esonerato Andrea Bonatti.
Nel settembre del 2020 viene scelto come nuovo allenatore della Primavera dello Spezia.
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